Точна дата його заснування достеменно невідома. Чоловічий монастир був заснований наприкінці XVII ст. на річці Оскіл неподалік сучасного села Гороховатка Борівської селищної ради.
Опис монастиря є в «Історико-статистичному описі Харківської єпархії. Відділ І. Короткий огляд єпархій та монастирів» за 1852 рік.
Гороховатська Богородична пустинь перед закриттям у 1788 р. знаходилась на лівому березі Оскола, поблизу хутора Борового; а до цього вона розташовувалась на правій стороні цієї р. Оскіл, біля підніжжя скель Гороховатських, на самому березі цієї річки.
У Борову перенесена вона була в 1760 р. через те, що на колишньому місці Оскіл під час водопілля затоплював не тільки монастир, а й саму церкву. Гороховатські жителі, до самого закриття монастиря, в день Різдва Богородиці, в храмове монастирське свято, ходили з хресним ходом у монастир на нове місце.
У відомості 1784 р. так описано цю пустинь: «лежить на лівому березі Оскола, біля озера Піщаного та двох безіменних; вона більша штату, навколо неї огорожа з двома баштами; в тій огорожі церква в ім’я Різдва Пресвятої Богородиці; будівельна та братська келії дерев’яні».
Коли і ким заснована була Гороховатська пустинь, достеменно невідомо. Але за актами видно, що в 1698 р. вона вже існувала і вже тоді була під відомством Свято-гірського монастиря.
В указі від 2 серпня 1736 р. монахиня Макрина вказує, що вона пострижена в 1712 р. в приписній до Святогірського монастиря Гороховатській пустині архімонахом Севастіаном. В описі Святогірського монастиря 1758 р. Гороховатська пустинь також показана приписною до Святогірського монастиря. Актом 1698 р. полкової ратуші Ізюмського полку ізюмський козак Іван Смачний, бувший Гороховатський сотник, продав Гороховатській обителі, наміснику отцю Іоанну, за 10 талярів свій двір у Гороховатці з садком та поле, яке, за його словами, він обробляв на користь обителі.
За документами відомі наступні її настоятелі:
1. Намісник ієромонах Іона в 1698 р.
2. Ігумен Василій Базилевич, про якого йде мова в указі від 28 квітня 1765 р.
3. Будівельник ієромонах Йосип Янкевич з 1766-1776 р.
4. Будівельник ієромонах Мелхіседек. Про його призначення в указі від березня 1777 р. говориться наступне: «За доповіддю консисторії, Його Преосвященства конфірмованого, вирішено на місце покійного Ізюмської Гороховатської Богородничної пустині будівельника ієромонаха Йосипа в основну пустинь призначити хрестового дому Його Преосвященства ієромонаха Мелхіседека». Потім додається, щоб новий будівельник з економом обителі ієромонахом Калістратом та старшою братією при Савинському священником Іоанном, який займав тоді посаду духовного управителя, «тієї пустині володіння, якого б звання він не був, проти попередніх описових книг завіряв і знову описував і що проти попереднього опису прибуло або за яких умов зменшилось, відмітив і двома підписами підтвердив своїми і одним братським», при завіренні депутата священника Іоанна.
5. Будівельник ієромонах Лаврентій Карпинський 1779 р.
6. Будівельник ієромонах Аврамій, стараннями якого в 1781 р. була обмежована монастирська земля.
7. Будівельник ієромонах Калістрат, який до цього був економом пустині.
8. Останнім будівельником був ієромонах Іоіль. Під час закриття пустині він і братія – ієромонах Савва, ієродіакон Александр та монах Яннуарій, за призначенням консисторії від 13 листопада 1788 р., повинні були перейти в Путивльську Совропієву пустинь, але за своїм бажанням вони перейшли в Куряж.
Пустинний храм був перетворений на приходський для монастирських селян, а в 1794 р. перенесений на інше місце для утвореної тут слободи Борової, на місці ж храму утворили кладовище. В Борівському храмі, до цього пустинному, зберігалась Охтирська ікона Божої Матері, до якої народ звертався з особливою вірою.
У відомості генерального межування 1784 р. показано всі землі Гороховатської пустині в двох дачах 2344 дес., в тому числі лісу 88 дес., орних земель 728 дес., сінокосів 1157 дес. Пустинь оточена була багатими родючими садами, від яких нині й сліду не залишилось, ліс також майже знищений.
